Tollmyndighetenes kontroll av tollavgift gjennomføres ved såkalt etterkontroll – etter at varene er innført og tollavgiftsmelding er levert, og ikke som ved kontroll av pågående vareførsel.
Som for vareførsel har tollmyndighetenes adgang til å innhente kontrollopplysninger fra tollavgiftspliktige, tredjeparter og offentlige myndigheter. Bestemmelsene viderefører tolloven §§ 13-3 a, 13-3 b og 13-4, men begrenset til å gjelde kontroll av plikten til å beregne tollavgift og fastsatt tollavgift. I tillegg videreføres tolloven §§ 13-5 og 13-6 om bokføringspålegg og klage over pålegg. Tolloven § 12-2 om offentlige myndigheters opplysningsplikt, som i dag er plassert i kapitlet om særlige forvaltningsregler, er i realiteten en kontrollbestemmelse og derfor videreført i dette kapitlet.
Ofte vil etterkontroll gjennomføres som en sammenhengende prosess av flere forhold for å kunne fastslå korrekt faktum i den enkelte sak, og kontrollen vil da være hjemlet i både vareførselsloven og tollavgiftsloven. I enkelte tilfeller vil det kunne være aktuelt med etterkontroll kun av fastsatt tollavgift, for eksempel i saker om preferansetollavgift etter kapittel 4 og nedsatt tollavgift på landbruksvarer etter kapittel 5. Det bør derfor være en selvstendig adgang til å innhente kontrollopplysninger etter tollavgiftsloven.